隨著時(shí)間的推移，表觀遺傳學(xué)的研究工具已經(jīng)從PCR到qPCR，并演變出在全基因組范圍內(nèi)進(jìn)行研究和分析的染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)，也就是目前火熱的ChIP技術(shù)。

染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。

將CHIP與第二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。首先通過(guò)染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫(kù)構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。研究人員通過(guò)將獲得的數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

ChIP抗體的選擇在實(shí)驗(yàn)中是最重要的一個(gè)環(huán)節(jié)，它影響著ChIP實(shí)驗(yàn)的成敗與否。那么ChIP-seq抗體需要如何選擇呢？

無(wú)論是單克隆還是多克隆抗體都可用于ChIP實(shí)驗(yàn)。單克隆抗體識(shí)別靶蛋白上的單一表位，它們具有很高的特異性結(jié)合，低非特異性結(jié)合和低背景信號(hào)等特點(diǎn)。其次，由于克隆性質(zhì)的低變異性，單克隆抗體具有更高的批次間穩(wěn)定性。

但是，如果存在其它與染色質(zhì)結(jié)合的蛋白，可能導(dǎo)致單克隆識(shí)別的表位不可接近；或由于需要識(shí)別的表位在交聯(lián)過(guò)程中被掩蔽，單克隆抗體不能有效地與蛋白結(jié)合。幸運(yùn)的是掩蔽的情況并不常見(jiàn)，因此，單克隆抗體不僅適用于ChIP實(shí)驗(yàn)，而且通常具有較好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

與單克隆抗體相比，多克隆抗體能識(shí)別靶蛋白上的多個(gè)表位，即使存在少數(shù)表位掩蔽的情況，也不會(huì)影響抗體有效地檢測(cè)到靶標(biāo)，實(shí)驗(yàn)成功率更高。也正是由于多克隆抗體可以識(shí)別多個(gè)表位，從而會(huì)增加抗體發(fā)生非特異性結(jié)合的概率。

ChIP級(jí)別的抗體對(duì)抗體純度、特異性結(jié)合的要求都比較高，是完成ChIP實(shí)驗(yàn)的首選抗體。如果沒(méi)有找到目的基因的ChIP-seq級(jí)別的抗體，通過(guò)ChIP和IP驗(yàn)證的抗體也可以使用，但是盡量不要使用沒(méi)有標(biāo)注ChIP應(yīng)用的抗體，或者標(biāo)注未檢測(cè)的抗體，否則通常是浪費(fèi)時(shí)間。

為了節(jié)省篩選候選抗體的時(shí)間，我們可以考慮抗體來(lái)自其他免疫實(shí)驗(yàn)檢測(cè)的數(shù)據(jù)，它們作為抗體在ChIP中工作良好的可能性的指標(biāo)。蛋白印跡和免疫沉淀測(cè)定可以驗(yàn)證抗體是否能識(shí)別正確的靶標(biāo)；免疫熒光分析可以確定抗體是否識(shí)別其天然狀態(tài)的靶標(biāo)，這些數(shù)據(jù)對(duì)于檢測(cè)抗體是否適合ChIP實(shí)驗(yàn)非常重要。

經(jīng)過(guò)免疫沉淀、免疫熒光或免疫組織化學(xué)中驗(yàn)證的抗體，比僅通過(guò)Western blot驗(yàn)證的抗體更有可能產(chǎn)生陽(yáng)性的ChIP實(shí)驗(yàn)結(jié)果。當(dāng)然，這些應(yīng)用中的性能并不能保證ChIP的成功，因?yàn)槌晒Φ?/span>ChIP抗體必須識(shí)別可接近的抗原表位，這些表位不應(yīng)該受ChIP交聯(lián)方法的影響。

因此，想知道一支抗體的ChIP數(shù)據(jù)是否可用，可考慮如下相關(guān)問(wèn)題：

• 得到該數(shù)據(jù)使用的抗體是否與你購(gòu)買的產(chǎn)品相同？
• 有沒(méi)有人使用這種抗體進(jìn)行ChIP實(shí)驗(yàn)？
• 有沒(méi)有已知的用于驗(yàn)證陰性IgG對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照引物組？

選擇ChIP抗體和進(jìn)行ChIP實(shí)驗(yàn)之前，對(duì)抗體的特異性評(píng)估很重要。尤其是組蛋白相關(guān)抗體的選擇更是如此。

同時(shí)，很多期刊雜志也逐漸將組蛋白抗體特異性表現(xiàn)作為文章發(fā)表的條件，因此，進(jìn)行抗體篩選測(cè)定以檢測(cè)抗體質(zhì)量和結(jié)合能力是非常重要的。

ChIP抗體選擇的關(guān)鍵是：

• 單克隆抗體和多克隆抗體都可以應(yīng)用于ChIP實(shí)驗(yàn)；
• 理想的ChIP抗體是經(jīng)過(guò)ChIP驗(yàn)證；
• 通過(guò)免疫實(shí)驗(yàn)（IP/IHC）驗(yàn)證的抗體比Western Blot驗(yàn)證的抗體更適合用于ChIP實(shí)驗(yàn)；
• 進(jìn)行獨(dú)立的特異性篩選。

Premium抗體通過(guò)了最嚴(yán)格的QC測(cè)試 （包括生物信息學(xué)，并與Broad Institute的Encode參考數(shù)據(jù)集進(jìn)行了比較）。Diagenode的合作伙伴認(rèn)為，這些抗體可能是最好的，具有最高性能的抗體，它們很可能會(huì)成為下一個(gè)國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)。

Diagenode的研發(fā)工作符合國(guó)際人類表觀基因組協(xié)會(huì)（IHEC）的總體目標(biāo)。IHEC聯(lián)合會(huì)給出的建議指南在任何表觀基因組項(xiàng)目中繪制以下6個(gè)組蛋白修飾圖：H3K4me3，H3K9me3，H3K27me3，H3K27ac，H3K4me1和H3K36me3。H3K4me3和H3K9Ac這兩種組蛋白修飾通常富集在激活的啟動(dòng)子區(qū)域上；H3K4me1和H3K27Ac這兩種組蛋白修飾通常富集在基因的增強(qiáng)子區(qū)域；H3K36me3和 H3K79me2這兩種組蛋白修飾通常富集在RNA聚合酶延伸區(qū)域 ；H3K27me3和H3K9me3這兩種組蛋白修飾用于抑制基因表達(dá)。

鑒于對(duì)高品質(zhì)抗體的要求，ChIP-seq級(jí)抗體需要建立最嚴(yán)格的QC程序。Diagenode的Premium抗體已通過(guò)眾多合作和IHEC表觀遺傳學(xué)專家社區(qū)開(kāi)展的廣泛工作達(dá)到了最高驗(yàn)證水平。現(xiàn)有抗體均經(jīng)過(guò)ChIP-seq驗(yàn)證，對(duì)于幾乎所有表觀遺傳應(yīng)用均顯示出卓越的性能。

Diagenode廠家對(duì)ChIP-seq級(jí)別抗體進(jìn)行嚴(yán)格驗(yàn)證，并遵循IHEC給出的建議指南對(duì)ChIP抗體進(jìn)行檢測(cè)，為您提供可以信任的抗體，如圖。

Diagenode，將生產(chǎn)最高質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的CHIP抗體作為公司經(jīng)營(yíng)理念的一部分，并努力不斷改進(jìn)抗體的質(zhì)控流程，使用高度標(biāo)準(zhǔn)化的ChIP-seq抗體檢測(cè)流程，對(duì)Diagenode Premium抗體進(jìn)行全面的驗(yàn)證。